六劃
在來線
在來含有「原本」的意思，在來線這詞語是相對於「新幹線」而來的，所謂的在來線，是指國鐵（現JR）的非新幹線路線，就是1067mm軌間的路線。故此，「山形新幹線」及「秋田新幹線」，由於是使用在來線規格的車輛大小設定，而且能進入新幹線區間，故此被稱為「新在直通運轉」，即新幹線及在來線的直通運轉。
八劃
直通運轉
大都市範圍內，由於市中心地區可使用的土地有限，而由市郊通往市區內的需求非常高，故此複數的列車公司會將路軌互相接通，讓己方的列車駛進對方的區間，使乘客可以一車進入市區或從市區進入市郊。而由於列車要使用其他公司的路軌，故此幾條相關路線需要在車輛規格；集電、訊號方式及軌間等方面作出統一的規定。
早在 戰前，東京已經是個大都會，不少私鐵線為將自己的線路駁入都心，都紛紛申請在東京市區興建地下鐵，但當大部分鐵道線不屬於同一公司時，大家可以想像東京的地底將會有多混亂。在昭和30年（1955年），運輸省成立了都市交通審議會，研究往後的都市交通計劃，而在31年（1956年）八月，運輸大臣就東京都的交通問題，提出第一號報告書 方案，指出「今後建設的地下高速鐵路，將與郊外的私鐵實施直通運轉。」 希望利用地下鐵接駁私鐵，解除都心邊沿乘客轉車的問題，亦免除了私鐵興建地下鐵造成「地底混亂」的危機。在東京，除了使用第三軌條集電的銀座線、丸之內線，及使用新式規格興建的都營大江戶線外，東京其餘的九條地鐵路線均與其他鐵路作直通運轉。
以下是東京的地下鐵與私鐵的直通區間。
日比谷線：東急東橫線（中目黑-菊名）、東武伊勢崎線（北千住-東武動物公園）
東西線：JR東日本中央．總武緩行線（中野-三鷹；西船橋-津田沼）、東葉高速鐵道（西船橋-東葉勝田台）
千代田線：JR東日本常磐緩行線（綾瀨-取手）、小田急小田原線、多摩線（代代木上原-本厚木/唐木田）
有樂町線：東武東上線（和光市-川越市/森林公園）、西武有樂町線、池袋線（小竹向原-飯能）
半藏門線：東急田園都市線（澀谷-中央林間）、東武伊勢崎線、日光線（押上-南栗橋）
南北線：埼玉高速鐵道（赤羽岩淵-浦和美園）、東急目黑線（目黑-武藏小杉）
淺草線：京急本線、空港線、久里濱線（泉岳寺-三崎口/羽田空港）、京成押上線、本線（押上-成田空港/東成田）、北總公團線（押上-京成高砂-印旛日本醫大）、芝山鐵道（押上-東成田-芝山千代田）
三田線：東急目黑線（三田-目黑-武藏小杉，三田-目黑間第二種運轉免許）
新宿線：京王京王線、相模原線、高尾線（新宿-橋本/高尾山口）
上圖是典型的直通運轉交界配置，私鐵列車經過交界車站與地下鐵的路軌
連接。而兩條渡線是為了讓己方列車利用此一交界站作總站時駛向相反方
向的月台再作始發列車。而通常交界車站的管理權只歸於其中一間公司。
九畫
帝都高速度交通營團
眾所週知，東京的第一條地下鐵線是銀座線（3號線），她是戰前建成的路線，但最初是由兩間公司營運的，分別是東京地下鐵道（淺草至新橋，1934年全通）及東京高速鐵道（澀谷至新橋，1939年全通），而兩社的列車則作直通運轉，於新橋站交界。直至1938年，由於有大量私鐵公司申請於東京市區內興建地下鐵道，政府為免過度混亂，打算由單一機構負責東京市的地下鐵建設。雖然東京市（當時東京仍行市制，直至1941年，東京市才改行都制，稱為「東京都」）希望市內交通由市政府一力承擔，但當時政府則決定另立法團，負責首都的地下鐵建設。於是，帝都高速度交通營團便於1941年3月成立。
「帝都」者，天皇陛下之住所也，由於那時是戰爭的時代，所以用了這個帝國主義色彩較濃厚的字眼而不用「東京」。「高速度交通」當然是指比當時的路面電車、巴士更有效率的地下鐵，而「營團」就是指這個法團的特殊性，此法人不屬於私人牟利業務，亦不完全屬於政府。營團開業時，除了中央政府及東京市政府外，東京橫濱電鐵（現．東急）、東武、京成、京濱、小田原急行（現．小田急）均有出資。而原來屬於上述私鐵公司的地下鐵建設許可證，亦撥歸營團。
直至戰後，東京都政府主張廢除營團，將所有地下鐵路線歸於東京都旗下規管、營運。但中央政府鑑於營團的公共性高，由多方出資，相反，東京都單獨出資可能會出現周轉困難，而東京市政府亦有將地下鐵建設權轉賣與私鐵的「前科」，於是駁回有關建議。因此自1953年起，東京都交通廳決定另起爐灶，研究自己的地下鐵建設計劃。而最終，1957年都市交通審議會第1號報告書亦採納東京都的方案，指明1號線（即淺草線）由東京市負責建設及營運。東京地鐵分兩家的制度亦繼續至今。
為了預備私營化，2004年，中央政府與東京都政府將營團改組，由特殊法人改成特殊會社，改成「東京地下鐵道株式會社」。營團這個名字，也隨之而消失了……
十一劃
第一種鐵道事業
根據日本現行的《鐵道事業法》，鐵路事業被分成第一至第三類。
第一種鐵道事業是指「在自社擁有的鐵道上運營旅客及貨物事業」。簡單而言，如路軌及使用車輛的擁有權均屬於同一公司的話，該公司便擁有該路段的第一種鐵道事業。 一般的鐵道就是以此事業運營。
鐵道事業的概念是以線路段落為準的，即同一公司於不同路線所擁有的鐵道事業種類可以不同。
第二種鐵道事業
第二種鐵道事業是指「在他人所有的鐵道上運營旅客及貨物事業」。例如JR貨物本身並沒有東海道本線的擁有權，但她在得到JR東海及JR東日本的許可下使用屬於該兩間公司的路段，於是，JR貨物需要得到東海道本線的第二種鐵道事業免許，才可以派車在該段行走，並運送貨物。
第三種鐵道事業
第三種鐵道事業是指「建設鐵道線路以供給第一種鐵道事業者使用，或提供線路與第二種鐵道事業者使用之業務。」。簡單而言，興建鐵路後，將鐵道擁有權讓與另一公司，並且讓其自主行車；或保存線路後，自己不派車，讓第二種鐵道事業者派車行走。例如「東京地下鐵建設會社」，便以建設舍人線並將之移交與東京都交通局為目的；又例如「關西高速鐵道」的京橋至尼崎段，公司本身沒有派車行走，而讓JR西日本派車行走（是為「東西線」）。以上都是第三種鐵道事業的例子。
第三sector
sector是指「部分」，其實第三sector是一個相對性的名詞，它是相對於全資屬政府擁有的「公共部分(Public Sector)」及全資屬私人擁有的「私人部分(Private Sector)」。第三Sector就是指由國家、地方政體及民間財團合資經營的公司 。例如「東葉高速鐵道」是由千葉縣、船橋市、八千代市、營團（現在的東京地下鐵）及京成電鐵合資的；而埼玉高速鐵道則是埼玉縣、川口市、埼玉市、鳩谷市和營團合資的。其實第三sector並不單有鐵道公司，也包含了一般的營運項目，例如住宅開發、遊樂場等。
第三sector的鐵道公司，大多是由於國鐵時期某些低用量線路需要脫離國鐵/JR而成立的，例如池北高原鐵道、平成筑豐鐵道等，也有時因為近年新幹線投入服務而根據法例需要脫離JR的鐵路，例如原屬信越本線 ，因長野新幹線建成而獨立的信濃鐵道；原屬東北本線，因盛岡至八戶段東北新幹線落成而獨立的IGR岩手銀河鐵道（原東北本線岩手縣內段）及青森鐵道 （原東北本線的青森縣內段）。
十三劃
新幹線
一談起日本的高速鐵路，大部分的人會立即想起了「子彈火車」(bullet train)，但實際上，這種列車的常用名稱應為「新幹線電車」，那什麼是「新幹線」呢？其實有新必有舊， 舊線就是指「東海道本線」，由於戰後日本的經濟急速增長，對長途列車的需求越來越大。原有的東海道線漸漸不敷應用。在昭和33年（1958年），日本國有鐵路幹線調查會中，將東海道線增強計劃中的建設新線稱為「新幹線」。這條「新幹線」是相對於一直使用的「東海道本線」的，由於東海道本線本身已是一條幹線鐵道，而新線無論在軌距、信號方式、用車以至速度都跟舊線大相逕庭，故此，便以「新幹線」稱之。事實上，位於東京站的新幹線紀念碑，仍然將新幹線稱為「東海道新幹線」(New Toukaido Line)，其英文名稱可將「新幹線」的意念表露無違。
以往，國鐵對新幹線的定義為：「使用1435mm軌間」，而由於近年鐵道公司討論將1067mm軌間，但行車速度能大大提高的鐵路都納入新幹線範圍，以減輕建設成本，故此 ，現時對「新幹線」的定義改為：「列車能在主要區間以時速200公里以上行走的高速鐵路」 ，與鐵道的軌距並沒有直接關連。事實上，2004年開通的九州新幹線新八代至鹿兒島段在開始時，就是以1067mm軌間作為建設目標開始的，直至中途在轉成1435的標準軌距（即所謂的full規格）。而由於 跟軌距再無關連的原故，位處羽越本線及田澤湖線的兩條被改成1435mm，以時速130公里運營的「山形新幹線」及「秋田新幹線」，並不能算成是新幹線，而是新在直通運轉 （新幹線與在來線直通運轉）了，但一般市民仍以「迷你新幹線」（因行走此兩線的新幹線列車比一段新幹線列車窄身）稱之。
